昨日上午，以吴大猷发表政策性之科学十年建设之经费数字，且对国防科学之经费特别提出，此为泄露国家机密，且擅自发表国家政策，以引起 匪共与国际之惊忌，不胜忧闷。下午，见静波、少谷、经国，商讨如何减轻吴言乱语之分量与国际之疑忌，并取消下午约吴之茶会，对吴作不严之教，未知果能 使之觉警。
尽管遭到吴大猷的反对，蒋经国仍继续推行原子弹研制计划。1969年7月1日，中山科学研究院正式成立，设四个研究所：第一研究所 主要负责研制原子弹；第二研究所研发火箭；第三研究所研究电子；第四研究所研发军用化学。此外，还设置了计划、设施供应、行政、主计等四个后勤支持组。然 而，随着中美关系的改善，美国政府逐步调整原先暗助与放任台湾发展核武的政策，在美国的干预下，台湾发展核武的计划最终夭折。
1968年至1969年，蒋经国曾以国防部长的身份向美方多次提出购买美国的FH.e型战机，以确保台湾空军的优势。然而，尼克松上台后，积 极谋求与大陆改善关系，坚决反对蒋介石的军事反攻计划，拒绝将新型飞机卖给台湾。为此，蒋介石曾令蒋经国多次与美方交涉，却毫无结果。蒋介石先后在日记中 记载了此事，他说：与经儿谈FH.e型机，对美使谈贷款购买。试谈结果，知美似不愿以此长程战机供我，盖恐我用此反攻大陆也，可鄙。
对美本已绝望，何必因此次FH案几遭此无端耻辱，越想越愤，故近夜连续失眠。受此痛苦，此为平生各种失败之中皆光明正大，无愧于心，而惟此次之耻辱失败之甚，故心不自安也。
没有美国的大力支持，军事反攻是毫无希望的。为此，蒋介石和蒋经国逐渐放弃了军事反攻计划，而是提出了七分政治，三分军事 的反攻原则。他在1969年2月的演讲中说：总统的军事思想是七分政治，三分军事。现在很多人不了解这个道理，以为我们六十万常备军进攻大陆，如何攻 得下，我们要明了今天大陆局势的发展，只有两个可能性：第一，大陆反毛反共势力已经同我们取得联系，一齐起来行动；第二，我们国军无论从海峡或者西南 方或者从北方进攻，只要踏上大陆，大陆就开始革命，所以七分政治、三分军事的重要性在这里。我们反攻大陆一定要采取七分政治、三分军事的办法。
蒋介石在日记中表示：大陆光复问题，如其内部不能有军事反攻之变化，或其与俄共不发生军事战争，则我原定军事反攻，以光复大陆之方针应作重新考虑，以弹性之方针为要，总以保存中华民国之国防 与三民主义之实施为原则，至于用政治或军事之解决则是手段而已。
尽管反攻无望，但蒋经国出任国防部长期间，对国民党军队的建设还是起了不少作用。对此，蒋介石曾称赞道：数年来对于军事基本 建设之政策，已有从做起之口号，而由国防部如计进行，逐条实施，已见成效，建军制度自经国接长国防部以后，五年以来，大体在内容上皆较过去进步而充 实，故基础已臻于稳定。1970年4月13日为蒋经国62岁生日，蒋介石在日记中记载道：回忆1968、1969年之间，经儿任国防长时，军事建设 乃自来台所最大进步之时期，期间以部队整编，自六十余万官兵之数减至五十四万之名额，而且其裁减者均作有计划之安置，并未有任何不利事件之发生，此为其对 国家最大贡献之一。今日为其六十二岁，特记之。
可见，蒋介石对蒋经国在国防部时期的成就还是非常满意的。而蒋经国在国防部正、副部长的五年时间里，已完全控制了国民党军权，这就为其权力交接奠定了坚实基础。
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