1965年3月8日,蒋经国在主持国防部会议时提出其施政理念:(一)构成严密坚固的台澎金马防线;(二)要准备一股强大的、机动的打击兵 力;(三)加强有力量、有权威的政治作战与情报作战系统;(四)巩固台湾省兵员动员的基础;(五)扩充自己的兵工厂建设;(六)从事原子能的研发;(七) 扩展对大陆及在大陆的抗暴运动;(八)改善军人生活(九)培养革命实践军风,提高军事行动的功效。
蒋经国任国防部长期间,深入基层,事必躬亲,把军事战备工作搞得热火朝天,一方面积极在军中宣传反攻大陆,另一方面加强对大陆进行偷 渡、空降、派遣和侦察飞行等活动,收集大陆情报。在他出任国防部长的第一年,派出的偷渡特务就达18批42人次,各种特务飞机对大陆的飞行达45批 50架次。
文化大革命开始后,蒋经国密切关注大陆的政治、社会情势,他认为现在这个时期,国内外整个世界局势,都有了很大的变化;可以说,这是我们 十八年以来,最重要的关头,也是反动大陆的最佳时机。1967年,他曾准备利用文化大革命造成的混乱局势,以特种兵、空降兵为主袭击大陆。蒋经 国制订的有关方案叫王师计划。根据1967年初提出的《王师一号计划》,国民党军队将对闽浙粤三省沿海地区和闽粤交界处实施加强军空降,两栖登陆 作战、3个空降营和1个炮兵营、1个空军战斗机联队和1个运输机联队,外加所需的海军运输、巡航舰只。《王师二号计划》则是准备用30架C119运输机运 送1个空降营和2个特种作战大队偷袭大陆。《王师三号计划》准备空降1个连和1个特种作战大队偷袭大陆。但由于美国的反对,蒋经国的王师计划最终未能 付诸实施。
在出任国防部长期间,蒋经国还负责秘密研制原子弹。1964年,大陆的原子弹、东风二型导弹研制成功后,蒋介石深恐台湾遭受大 陆的核武器攻击,他除了在官邸与行馆修筑钢骨结构及配备厚钢门的防核防空洞,在军队中不断进行防止核生化攻击的战术操演外,还决心启动原子弹研制计划,与 大陆展开竞赛。1965年4月,蒋介石指示时任国防部部长的蒋经国成立石门科学研究院筹备处。7月1日,筹备处从台北市区搬到石门营区,全称 也改为中山科学研究院筹备处,正式展开原子弹研制计划。蒋经国前后主持筹备处工作汇报19次,是原子弹研制计划的实际负责人。
在筹备期间,蒋介石企图邀请吴大猷指导原子弹的研制,并将发展原子弹的内部文件交给了吴大猷审核。然而,出乎蒋介石意料之外,吴大猷却 认为台湾腹地狭小,在战略上不利于从事核子战争,因而强烈反对台湾发展核武器。蒋介石接到吴大猷的反对意见后非常生气,他在日记中说:留美科学家如吴大猷 者,自由不羁,只知自己个人威望,而不知国家利害,亦不审政情艰巨与国际环境,殊为可叹。此种成事不足,败事有余之学者,建设工作尚未开始而先被破坏,殊 为可痛,奈何之何哉。
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