在朱元璋看来，这些功臣对王朝的长治久安构成严重威胁，因此要无情地清洗。尤其对其子孙构成威胁的人，必须除之而后快。只有杀，才能确保他以及嗣君控制住军队，不丢宝座。
他扣在功臣头上的罪名也非常模式化：谋反和连坐。只要想杀人，肯定有人站出来揭发他谋反。因为没有什么罪名比这两条更毒辣、更方便，而且一查一个准。谁敢让他不爽，谁敢逾越雷池一步，那无异于找死。他一杀就是一家人，有的杀人手段十分残忍。
肃反运动一波接一波，朱元璋先后肃清胡党、处理空印案、郭桓案，逮捕为害百姓的官吏，几场大案，杀戮官吏接近10万人，试图用别人的鲜血浇灭自己心头的怒火。
德庆侯廖永忠的免死铁券，第一个成为空头支票。他在很多战斗中有功，特别是在鄱阳湖之战中殊死战斗。他还淹死小明王，扫除朱元璋称帝的障碍。1375年，朱元璋将其杀死，理由是他私自穿绣有龙凤图案的衣服。穿皇帝的衣服属于逾制，等同于有篡国夺权的野心。
因为是朱元璋的心腹，放他一马。所以，开国功臣能得善终的，只有郭英一个人。
1380年，永嘉侯朱亮祖父子被活活鞭打而死。朱亮祖原是元朝的一员猛将，作战非常勇敢，虽被明军多次俘虏，但从不求饶，誓死不降，一副要杀要剐全凭你处置的劲儿。朱元璋非常欣赏他的勇敢，委以重任。他曾经参加平定四川的战役，因为擅杀部下，被皇帝取消奖赏。他镇守广东，仍然恶习难改，鞭打当地官员，接受富商贿赂，做了很多违法犯罪的事情。番禺知县道同给朱元璋写秘密材料，揭发朱亮祖的罪行。朱亮祖反咬一口，污蔑道同对他傲慢无礼。对大官傲慢无礼，就等于自取灭亡，将道同判处死刑。朱元璋将朱亮祖父子召到南京，用鞭子活活打死。
1384年，临川侯胡美因为犯禁被处死。
朱文正被鞭打而死。他是朱元璋的亲侄儿，坚守江西南昌城85天，阻挡住陈友谅的疯狂进攻，为朱元璋取得鄱阳湖决战的胜利奠定基础。他后来娇纵不法，公然抢夺妇女，玩腻了就投到井中淹死。还割人舌头，残暴不法。还用龙凤图案装修自己的寝室。朱元璋亲自到江西将他逮捕，幽禁于安徽，将他的50多名部下割断脚筋，整成残废。
曹国公李文忠是朱元璋的外甥，南征北战，立下不朽功勋。他能文能武，1383年任大都督(军队最高领导人)兼国子监祭酒(相当于南京大学校长)。李文忠曾经批评皇帝太依赖宦官，对待官员太苛刻。他居然被毒死(有的说是病死)，理由是??礼贤下士，周围知识分子太多，难道你想搞小动作不成?临死前，他对朱元璋说，我给你一句忠告：要少杀人，防止宦官作恶。
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