最终，孝公被商鞅的雄辩与热情打动，于六年(前356年)拜商鞅为左庶长，卒定变法之令。6年后，迁都咸阳，标志着强盛崛起的秦王朝向东扩展的决心，这里地处渭河台地，具备丰厚的黄土，耕种简易，且利于漕运。由渭河北岸古道，可以东出临晋关，渡河可东至蒲坂，直取夙敌魏的腹地，由渭南古道，则可以东出崤山、函谷关，与中原诸侯争雄。
商鞅前后两次变法，核心内容即按照源于三晋的法家政治理念与变法经验，增强秦国的耕战之力。钱穆在《先秦诸子系年商君考》中明确指出，编民为伍，彼此连坐之法，出自李悝《法经》;罢黜守旧勋贵出京，整饬军备，沿自吴起;甚至变法之初，立木封金于都城南门，也是模仿吴起南门偾表。首先废井田，开阡陌，改百步之田亩度量为240步，着重开辟与分配耕地，鼓励垦荒，所以开阡陌的最终目的不仅是提升农业生产效率，统一缴税，终极目的也是将土地度量与户籍徭役兵役管理绑定在一起。根据商鞅所撰《垦草令》，秦王还采纳了其建议，招徕三晋之人，给予田宅和国人身份待遇，一则削弱了三晋帝国的人力资源和相应的农业生产和军事动员能力，也使相当部分秦国男性青壮年可投军入伍，增强秦军的战斗力。
商鞅变法之另一核心举措，在于在秦国全境推行县制。以往秦、三晋与楚设县，多为边境偏僻地区，军事边防作用为先。商鞅变法后，将秦国全境统一划分为41县，最高行政长官为县令，秩级从600石至1000石不等，职责相当庞杂琐屑，包括管理农业生产、管理粮仓、管理公府金钱、兴发徭役兵役、铸造兵器等。县令之下有县丞和县尉，合称为长吏，是县令的佐官，分别负责辅助管理政务，以及县内军事之职。县令与长吏之下，有厩啬夫、皂啬夫等职责明确的胥吏。县的主要的作用。就是国家可以强力控制编户齐民，予取予求，赋税、兵役、徭役悉出于编户。
户籍编制和授田之法的最终目的，在于驱民为战，对外扩张，而商鞅变法中实行的军功爵制，则是军事组织动员的强心针。1975年出土于湖北云梦睡虎地的秦简中，亦有《军爵律》两条，分别规定了军功赏赐的具体政策，战场得敌人首级一，就能赏爵一级，为五十石之官;斩两首者爵二级，为百石之官可谓简单直接，通晓民心。军功爵制的推行，也有力促进了秦王国的社会转型，使得周代贵族赖以维系统治的礼乐教养更加失去了意义。发达的军事组织与官僚制度之间，有着天然的亲和与互相促进性，使得万民在一条统一的起跑线上接受自上而下的统一指挥，协调行动。
随着变法各项措施雷厉风行地推行，秦国的国力迅速增强，东进拓疆，建立霸权成为孝公和商鞅关注的核心问题。东进，就必须彻底摧毁秦的宿敌魏国，也许在商鞅内心深处，他一直没有忘记魏惠王对他的冷落与忽视，而让魏国付出霸权旁落、疆域缩减、军力被毁的代价，则是最好的复仇。他游说秦王说：秦与之魏，譬如人之有腹心患，非魏并秦，秦即并魏。公元前354年，趁着魏赵大战邯郸之际，秦军东进，元里一站大获全胜，斩首7000，夺取了少梁，这是秦自商鞅变法以来取得的第一次外战大胜。两年后，商鞅晋升大良造，再次趁着魏国争霸中原，无暇西顾之势，率大军穿越河西，夺取了魏国的旧都安邑，并进而攻陷魏国防秦重镇固阳。
曾经轻视商鞅的魏惠王，终于尝到了悔之莫及的滋味。公元前344年，他派出使节前往宋卫邹鲁等国之间，试图建立联盟，集各国之力联盟伐秦。
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