李莲英用度奢侈自不待言，他除了花费慈禧的私人钱财之外，还多次动用国家财政款项，给朝廷带来了巨大损失。例如，1894年中日甲午海战，中国之所以败给日本，主要原因就在于李莲英挪用大量海军经费重修颐和园，而他及其手下则从中渔利不少。1885年，朝廷派醇亲王管理海军处，庆王、李鸿章和曾国藩辅佐。曾国藩(他实际上是海军处的灵魂人物)死后，海军事务遂落入一帮毫无经验的年轻王爷手中。1889年光绪帝亲政，第一件事便是重修颐和园，因为自从1861年八国联军火烧之后，这里一直是一片废墟。但是，重修颐和园耗资巨大，国家没有经费，于是，李莲英就建议挪用海军拨款。皇帝太后批准，海军处遂成为内务府下属的一个机构，所有拨款均由内务府支配。甲午战争爆发后，慈禧下令撤掉海军处，招致举国上下一片批评。在慈禧眼中，海军处和颐和园重修款项实则一体，如今修建既然已将完成，拨款也要用尽，所以海军处便无存在必要。有人建议颐和园将此款项归还海军处，但那是绝对不可能的事。
1889年，总管太监李莲英第一次跟随醇亲王视察北洋军港旅顺、威海卫等处。当时人人都说官员对待李莲英远比对待醇亲王更为殷勤。北洋海军中，总督丁汝昌之下的大小官员都竭尽逢迎讨好这位权倾朝野的太监，争相成为其门生子弟，因此李莲英所受贿赂无数。中外许多人士纷纷指责李鸿章，认为他应该为甲午战争负责，但这些人都忽略了这样一个事实(甚至连李总督自己都不敢公开提及)：本该用于海军日常开销及沿海工事修建的拨款十分之九都被总管太监挪用修建颐和园去了(其中大量款项落入了总管自己的腰包)，海军官兵对此怨声载道，交战之时不肯奋勇向前，而枪炮器械也残缺不全。了解英国历史的读者可能会记得，英国同样在危难关头遇到过类似事情，但庆幸的是，海军官兵的士气并未受到影响。
戊戌政变的一个重要原因就是李莲英非常憎恨光绪帝，此后慈禧与这位有名无实的统治者之间的疏远和敌对也大都由李莲英而起，甚至还有人说他跟光绪帝驾崩也有关系。光绪帝锐意改革，李莲英对此又恨又怕，担心改革对自己不利。那些致力于建立新制度的广东新党于1898年纷纷蜂拥到北京，李莲英对他们更是深恶痛绝。因此，他自然而然便成为了反对改革的第一人，极力鼓动太后复政。闹义和拳时期，慈禧对拳民的法术大为惊奇，假如不是李莲英在慈禧身旁推波助澜，使她坚信这种骗人的把戏，慈禧也不会支持拳变。当时反对外国人的浪潮也不致蔓延出山东境内，而中国人也不必承担巨额赔款。纵观中国政治和宫廷风云，这位皮匠出身的太监竟然能掀起滔天巨浪，何等有趣!李莲英为女主人送葬之时肯定心中忧伤。他中饱私囊侵吞大量财富，国家为此付出了沉重的代价，而如今他也离坟墓不远矣!
义和拳鼎盛时期也是李莲英权力的巅峰时刻，端王向太后或军机处汇报时必定会再三强调，他们的所有行动都得到了总管太监的授意或许可，还说这份或那份谕旨也是得到他认可才下发的。端王之所以倚重李莲英，主要是为了钳制反对者之口，因为他非常清楚，很少有人敢于反对总管太监本人同意的事情。慈禧奖赏义和拳，并奖赏杀死夷人的士兵，所有这些赏金都是李莲英劝太后自己掏腰包拿出来的。
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